В ЮКО отсутствует единый учет иммигрантов и репатриантов

За 1999-2001 годы управлению по миграции и демографии области из республиканского бюджета выделено 446,3 млн. тенге на приобретение жилья оралманам и 33,4 млн. тенге для выплаты им пособий. Всего приобретено 1080 квартир и домов оралманам, в том числе управлением миграции области — 413, остальные комиссиями при акимах городов и районах области.
Из-за недостаточно эффективной работы правоохранительных органов фактически граждане Узбекистана и Таджикистана приезжали в область без уведомления и разрешения уполномоченных отделов по миграции, а затем без соответствующей проверки регистрировались на постоянное жительство, что влекло незаконную выдачу паспортов гражданам СНГ и занятие ими должностей в госорганах.
Прозрачность границ в Узбекистаном и отсутствие надлежащего санитарно-эпидемиологического контроля со стороны облСЭС за лицами, прибывающими из-за границы, представляет серьезную опасность распространения эпидемиологических и инфекционных заболеваний среди населения области (жительница Мактааральского района Кузембаева М. заразилась холерой, находясь в гостях в Узбекистане). В Сайрамском, Казыгуртстком, Сузакском, Ордабасинском районах и Шымкенте зарегистрированы случаи сибирской язвы и крымской геморрагической лихорадки.
Бесконтрольное пересечение границы РК и пребывание граждан СНГ на территории РК способствует ухудшению криминогенной обстановки в области. По области иностранными гражданами совершено 98 преступлений, что составляет 1,3 % от общего количества зарегистрированных преступлений в области. Наибольшее количество преступлений совершено иностранцами в районах области граничащих с Узбекистаном. 90% граждан стран СНГ, совершивших преступления, не были зарегистрированы в органах внутренних дел. Из-за отсутствия должного пограничного и таможенного контроля за въездом иностранных граждан в РК, продолжается беспрепятственный провоз через госкграницу наркотических средств в особо крупных размерах. До сих пор не организована охрана нового моста через Сыр-Дарью, который расположен всего в 300 метрах от границы с Узбекистаном.
Угрозу национальной безопасности и общественной стабильности представляет активизация деятельности сторонников религиозных направлений экстремистского толка на территории области. Происходящие в центрально-азиатском регионе военно-политические события, связанные с терактами в США и акцией возмездия антиталибской коалиции, оказали определенное воздействие на активизацию в области деятельности сторонников религиозного экстремизма и организаций фундаменталистского толка, использующих террор как метод достижения своих целей, отмечалось на координационном совете прокуратуры ЮКО.