Основными задачами таможни РК на 2004 год являются максимальное упрощение процедур и усиление борьбы с контрабандой - председатель АТК РК

Как сообщалось ранее, АТК РК начало работу по созданию системы управления рисками. Данная система предполагает использование упрощенной схемы таможенной очистки товаров, принадлежащих или экспедируемых добросовестными участниками внешнеэкономической деятельности (ВЭД). Б. Сапарбаев сообщил, что к разработке данной системы уже приступила рабочая экспертная группа АТК РК. Ожидается, что после начала эксплуатации системы управления рисками ресурсы АТК будут использоваться более рационально, существенно повысятся таможенные сборы с категории потенциальных неплательщиков. Также сократится время нахождения грузов на складах временного хранения, что выразится в виде экономии средств участников ВЭД.
Для самостоятельного определения таможенной стоимости импортируемых грузов АТК РК создает собственный классификатор товаров. Первоначально он будет составлен на базе информации о ценах на российские товары. В дальнейшем Агентство намерено самостоятельно определять стоимость 90% импортируемых грузов.
Б. Сапарбаев отметил, что в связи с наделением АТК РК новыми полномочиями в Агентстве создаются новые подразделения. Так, в структуре таможни после наделения Агентства полномочиями по проведению оперативно-розыскной деятельностью создаются оперативно-следственные подразделения, которые совместно с другими правоохранительными органами будут заниматься профилактикой и расследованием экономических преступлений.
Также на АТК РК возложена функция радиационного контроля на границе. Б. Сапарбаев отметил, что в бюджете Агентства заложены необходимые средства на приобретение необходимого оборудования, однако основной проблемой остается нехватка грамотных специалистов. По словам председателя АТК, ряд международных организаций уже высказали намерение организовать подготовку специалистов радиационного контроля для нужд Агентства.
Для ускорения движения денежных средств АТК РК также намерено использовать новую информационную систему таможни с возможностью проведения таможенных платежей через кредитные пластиковые карточки, выпускаемые банками РК. По информации Б. Сапарбаева, в 2003 году АТК РК перечислило в доход государства 198 млрд. тенге, что составляет около пятой части дохода бюджета государства. В 2004 году план АТК составляет 218 млрд. тенге.