Перейдя в профессионалы, Головкин уже спустя несколько месяцев провел первый бой – 6 мая 2006 года. До окончания года Геннадий дрался еще пять раз. Как в начале профессиональной карьеры любого перспективного боксера, первые соперники казахстанца звездностью не отличались. Но с каждым боем ему приходилось иметь дело с более искушенными противниками. В шестом своем поединке 2 декабря Головкин дрался с 29-летним сенегальцем Сильваном Гомисом. Эту встречу, как и все предыдущие, Геннадий закончил досрочно – нокаутом.
После перехода в профессионалы серебряный призер Олимпиады-2004 в весе до 75 кг казахстанец Головкин живет и тренируется в Германии. В различных городах этой страны он и провел все свои поединки.