В настоящее время в структуре НК КТЖ находится 13 различных подразделений. Предполагается, что в дополнение к ним будут созданы АО “Локомотив”, к которому отойдут парк локомотивов КТЖ и АО “Транспортные перевозки”, которое будет осуществлять грузовые перевозки. Таким образом, руководство КТЖ сохранит оперативный контроль лишь за линиями железных дорог и соответствующей инфраструктурой: системой управления путями, системами связи, вокзалами и станциями.
С целью оптимизации работы и рационального использования ресурсов КТЖ, руководство компании намерено создать условия для приобретения крупными предприятиями, использующими железную дорогу, собственных парков подвижного состава, которые будут состоять из специализированных вагонов. В дальнейшем КТЖ намерено произвести полную демонополизацию рынка железнодорожных перевозок с созданием других транспортных компаний с собственным подвижным парком. Таким образом, на данном рынке будет создана конкурентная среда, при которой все транспортные компании получат равные возможности к доступу на железные дороги Казахстана. В дальнейшем возможно участие этих компаний в международных перевозках.