Ранее Н.Исингарин возглавлял Интеграционный комитет Таможенного союза, на базе которого образован ЕврАзЭС. В сентябре 2001 года главы государств стран ЕврАзЭС утвердили генсекретарем ЕврАзЭС Григория Рапоту, поскольку эта должность в настоящее время является квотой Москвы. Н.Исингарин был назначен его заместителем.