Наиболее интенсивное загрязнение акватории Иртыша происходит в районе Серебрянска, Усть-Каменогорска и Семипалатинска, где в аварийном режиме эксплуатируются очистные сооружения. Однако наибольший вред бассейну Иртыша наносят технические и аварийные сбросы горно-металлургических предприятий Восточного Казахстана. И, прежде всего, “Востокказмеди” – филиала корпорации “Казахмыс”. По данным Восточно-Казахстанского управления охраны окружающей среды (ВКУООС), приток Иртыша - Красноярка - на протяжении четырех лет загрязняется вышедшими на поверхность водами из затопленной шахты “Капитальная”, неочищенными шахтными водами промплощадки “Иртышская”; сточными водами Иртышского шламонакопителя; проливами пульпы с хвостохранилища Верх-Березовской обогатительной фабрики; дождевыми и талыми размывами цинкового концентрата, складированного под открытым небом и непосредственно в водоохранной полосе поселка Верх-Березовка. В результате чего в Красноярке фиксируется уже свыше 600 ПДК цинка, 500 ПДК меди, около 20 ПДК свинца, а также прочие вещества 2-го и 3-го классов опасности. Подобному же экстремальному загрязнению “Казахмыс” подвергает речку Глубочанку.
Всего в бассейн Иртыша ежегодно сбрасывается свыше 100 тонн цинка, 3 тонны меди, более 2 тонн кадмия и свинца.
Главным виновником чрезвычайной экологической ситуации на Иртыше в ВКУООС называют республиканский Комитет охраны окружающей среды, где без согласований с областью и без проектов предельно допустимых выбросов выдаются разрешения предприятиям на загрязнение биосферы, в том числе водоемов, в экстремальных объемах.