Специалисты считают, что 20-километровый участок новой дороги нанесет существенный урон растительному и животному миру особо охраняемой территории.
Трасса разделит заповедную зону на две части без создания буферной зоны, что противоречит закону об особо охраняемой территории. В центре заповедника уже построен таможенный пост с автопереходом. Как считают экологи, пост расположился на пересечении традиционных сезонных троп животных и рядом с их постоянным летним обитанием в пойме реки Черная Уба. Кроме того, автотрасса увеличит опасность гибели под колесами автомобилей маралов, косуль и лосей, гибнущих в большом количестве во время весенне-осеннего кочевья на приграничной территории России.
Кроме того, по мнению ведущего специалиста Алтайского Ботанического сада Юрия Котухова, строительство дороги нанесет непоправимый ущерб флоре заповедника, включающей растения 800 видов, 338 родов и 84 семейств (60% всей флоры Западного Алтая). Именно на тех участках, где запланирована трасса, растут редкие виды семейства орхидейных, а в долине реки Белая Уба (вдоль полотна) замечены интересные для науки новые виды пырейника (убинский, линейский, Иващенко). По проекту новая магистраль пересекает Черноубинский скальный массив и предполагает взрывные работы, тогда как на этом скальнике произрастают редкие и реликтовые растения с точечным обитанием. Любое техногенное воздействие способно привести к их полному исчезновению, считает Ю. Котухов.
Экологические объединения Риддера призвали правительство прислушаться к мнению ученых и вынести строительство автотрассы за пределы Западно-Алтайского заповедника.