Согласно отчетности, по состоянию на 1 июля 2003 года по ЮКО при выделенном лимите 533,5 тонн, выловлено около 50 тонн. Кроме того, по Шардаринскому водохранилищу лимит составил 315,0 тонн, вылов - 19,0, по реке Сырдарья с поименными озерами при лимите в 110,5 тонн, вылов составил - 21,2 тонн, на Шошкакольской системе озер лимит был установлен в 213 тонн, вылов - 2,5 тонны.
Проведенный анализ показал, что предприятия, занимающиеся выловом рыбы, занижают данные улова, количество выловленной рыбы в области, по крайней мере, в три раза больше. Большое количество рыбы вылавливается браконьерами. В связи со сложившимся положением руководство ЮКО решило поменять систему промышленного рыболовства и контроля над ним.
Охрана и контроль за воспроизводством, использованием рыбных ресурсов и других водных животных, ведением рыбного хозяйства на территории ЮКО ранее возлагались на отдел рыбной инспекции Южно-Казахстанского территориального управления министерства сельского хозяйства РК. В скором времени вышеуказанные функции отдела рыбной инспекции передаются в создаваемый территориальный орган комитета рыбного хозяйства - Южное зональное управление рыбной инспекции.