На территории области расположено пять систем водоемов с промысловыми запасами рыбы: Бухтарминское (включая Зайсан), Шульбинское, Алакольские озера, Иртыш и группа малых озер. Здесь ежегодно добывается от 6,3 тыс. тонн до 9,5 тыс. тонн рыбы, хотя промысловые запасы позволяют вылавливать 11 тыс. тонн в год.
Причиной для разработки программы стали нерациональность действующего режима рыболовства, а также недостаточный контроль со стороны рыбоохранных структур, допускающих браконьерство и превышение нелегального улова над легальным.
Как заявлено в программе, на водоемах области необходимо улучшить экологическую ситуацию, создать условия для роста поголовья рыб ценных пород, а также усилить роль науки и природоохранных структур в регулировании рыбных запасов. Например, необходимо укрупнять лимиты и участки лова, чтобы предотвратить избыточные запасы рыбы, грозящие распространением заболеваний и снижением темпов роста численности. В настоящее время это актуально для таких видов, как лещ, судак и рипус.
Программа предполагает перепрофилирование Бухтарминского нерестового хозяйства на зарыбление водоемов сазаном, сибирским осетром и стерлядью. На эти цели запланировано затратить 15 млн. тенге с ожидаемым экономическим эффектом в 1 тыс. тонн годового улова через 4-7 лет.
Также программа предусматривает передачу ряда озер и малых водоемов в обособленное частное пользование для выращивания ценных видов рыбы. Для этого в 2000-2001 годах водоемы были инвентаризированы и паспортизированы. Намечен ряд мер по улучшению рыбоохраны, например, создание на акватории Зайсана и в дельте Черного Иртыша заказников, закрытых для рыболовства. Будут увеличены ставки платежей за пользование животным миром. Для рыбоинспекции введен принцип единоначалия и бассейнового метода управления.