Во время пожаров в 1995 - 1997 годах на территории парка образовался горельник площадью 1 тыс. гектаров. Как отметило руководство парка, для завершения работ на горельнике потребуется еще два года и соответственно еще порядка 60 млн. тенге.
Деятельность Баянаульского природного национального парка направлена на сохранение уникальной местной флоры, фауны и озерной экосистемы. В настоящее время в парке ведутся активные лесовосстановительные работы. В этом году в Баянаул завезены 20 тыс. саженцев сосны, 5 тыс. саженцев березы, в лесном питомнике на площади в 0,12 гектаров посеяны семена сосны. Через два года делянка сеянцев даст 80 тысяч качественных саженцев сосны.
По словам работников парка, содержание озер – более дорогостоящее направление деятельности. Все три озера, находящиеся на территории парка – Жасыбай, Торайгыр и Сабандыколь, нуждаются в очистке. Однако опыта такой работы в Казахстане нет. В парке на основе исследований ученых из института гидрологии и гидрофизики академии наук РК разработана программа оздоровления лимнических (озерных) экосистем, однако в отсутствие республиканского финансирования осуществить ее невозможно. В настоящее время силами парка ведется только уборка прибрежных зон озер.
Еще одна нереализованная программа парка – строительство вольера для диких животных, в частности, архаров и косуль. Проект готов, но средств на строительства вольера в парке пока нет. Между тем создание вольера могло бы стать не только основой воспроизводства редких видов животных, но и привлекло бы в Баянаул дополнительных туристов.
Баянаульский природный национальный парк занимает площадь в 50 тыс. 688 гектаров и может принимать до 11 тысяч туристов в день. Ежегодное республиканское финансирование парка составляет порядка 20 млн. тенге.