Багапша похоронят в родовом селе Джгерда (Очамчирский район республики) вечером 2 июня. 30 мая прощание с покойным состоится в Москве, в культурном центре министерства обороны РФ на Суворовской площади. В Абхазии прощание состоится в день похорон в здании филармонии в Сухуми.
21 мая стало известно, что абхазский президент в Москве перенес операцию на легких; тогда же исполнять его обязанности был назначен Анкваб. Уже после смерти Багапша его представитель Кристиан Бжания сообщил, что у главы государства был рак. Неназванный источник "Интерфакса" заявил, что онкологическая операция прошла успешно, однако сердце Багапша не выдержало осложнений в послеоперационный период.
Свои соболезнования народу Абхазии уже выразили российские президент Дмитрий Медведев и премьер-министр Владимир Путин.