Филиал университета открылся в сентябре 2001 года в рамках межправительственного соглашения Казахстана и Монголии. Учитывая низкий уровень жизни жителей Баян-Ульгийского аймака, университет установил плату за обучение в филиале в размере $250, что намного меньше платы, вносимой за казахстанских студентов.
Обучение ведется на казахском языке по трем специальностям - “Информатика”, “Русский язык и литература”, “Бухучет и аудит” по учебным планам и программам, разработанным на основе государственных стандартов высшего образования РК. Университет обеспечивает 160 студентов филиала учебниками, учебными пособиями и техническими средствами обучения.
В этом учебном году на подготовительное отделение ВКГУ для представителей зарубежной казахской диаспоры и репатриантов (оралманов) принято 30 человек. Им выплачивается стипендия, предоставлены места в общежитии. Студенты подготовительного отделения пользуются услугами библиотеки, читального и спортивного залов.