В ходе обсуждения законопроекта и подготовки его ко второму чтению сенаторы внесли в одобренный мажилисом вариант более 200 поправок.
В частности, для решения задач в сфере таможенного дела в единую систему таможенных органов включены специализированные таможенные учреждения, создаваемые по решению правительства РК. В целях обеспечения обязательств, установленных Конвенцией по гармонизированной системе описания и кодирования товаров, предусмотрено, что при классификации товаров таможенные органы используют коды товаров в соответствии с товарной номенклатурой внешнеэкономической деятельности.
Основными изменениями и дополнениями в Особенную часть Таможенного кодекса являются: уточнение определений пунктов пропуска товаров и транспортных средств через таможенную границу РК, четкое определение операций, связанных с переработкой товаров на таможенной территории РК, а также вне этой территории; приведение методов определения таможенной стоимости ввозимых товаров к стандартам, установленным Генеральным соглашением по тарифам и торговле 1994 года; уточнение процедуры условного выпуска декларируемых товаров и периодического декларирования.
Внесены также изменения в части срока действия предварительного решения, а также применения и завершения таможенных режимов переработки на таможенной территории и вне этой территории; временного ввоза или вывоза товаров и транспортных средств; свободной таможенной зоны; свободного склада.
Уточнены условия возврата ранее уплаченных таможенных пошлин лицу, осуществляющему реимпорт товаров, что, как ожидается, исключит возможность различного понимания случаев возврата средств из бюджета при применении данного таможенного режима.
Кроме того, из проекта кодекса исключены виды дисциплинарных взысканий, налагаемых на должностных лиц таможенных органов, не предусмотренных действующими законами.
С изменениями и дополнениями проект Таможенного кодекса направлен в мажилис.