В 1999 году паспортно-визовая служба была переименована в миграционную полицию. Изменились задачи и функции службы, ее структура. В связи с увеличением количества иностранных граждан, прибывающих в Казахстан, возникла необходимость в регулировании порядка их пребывания.
Временная регистрация, оформление на постоянное место жительства и гражданства, выдача удостоверений и паспортов - государственно-важные и нужные дела. По Указу Президента особое внимание уделялось людям, прибывающим в Казахстан на историческую родину.
Для борьбы с незаконной миграцией, пресечения фактов нарушений пребывания иностранных граждан в Казахстане, контрабанды наркотиков, оружия через границу в апреле 2002 года создан взвод единой заградительной системы «Рубеж».
Миграционная полиция действует в соответствии с Конституцией РК, законами «Об органах внутренних дел», «О миграции населения», «О правовом положении иностранцев», «О гражданстве Республики Казахстан» и другими нормативными правовыми актами, межгосударственными соглашениями (договорами), а также ведомственными инструкциями, регламентирующими служебную деятельность.