Единую систему органов национальной безопасности страны составляют сам Комитет, входящие в его состав департаменты и иные структурные подразделения, территориальные органы по областям, городам республиканского значения и столице республики и подчиненные им городские и районные управления (отделы, отделения), а также органы военной контрразведки, служба «Барлау» КНБ, Пограничная служба КНБ, подразделения специального назначения, научно-исследовательские учреждения и иные организации.
Учебными заведениями ведомства являются Академия КНБ и Военный институт КНБ РК на базе бывшего пограничного училища, который готовит специалистов по различным военным специальностям. Выпускники Академии КНБ получают профессию юриста и оперативника с обязательным изучением иностранных языков.