А. Шукпутов родился в 1958 году в Оренбургской области РФ. Окончил Казахский политехнический институт им. В. Ленина по специальности инженер-системотехник, кандидат экономических наук.
В 1997 - 1998 годы возглавлял ЗАО “Агентство по реорганизации и ликвидации предприятий”, в феврале-сентябре 1998 года - вице-министр энергетики, индустрии и торговли РК. В 1998 - 1999 годы являлся первым заместителем директора департамента госимущества и приватизации минфина, в 1999 - 2000 годы в канцелярии премьер-министра возглавлял отделы регионального развития и кадров и регионального развития и социальной сферы, с сентября по декабрь 2000 года - заместитель руководителя канцелярии премьер-министра. С декабря 2000 года по август 2002 года А. Шукпутов возглавлял министерство природных ресурсов и охраны окружающий среды РК.