В декабре 2002 года суд Атырауской области по иску областного департамента охраны окружающей среды оштрафовал ТШО на 10,8 млрд. тенге за хранение 6 млн. тонн комковой серы под открытым небом. Верховный суд отменил это решение, сократив размер штрафа. Также уменьшена госпошлина в доход государства до 32,6 млн. тенге.
По мнению экологов, хранение этого опасного вещества в отвалах способно нанести серьезный ущерб природе региона и здоровью людей. В свою очередь руководство компании неоднократно заявляло, что эта хранящаяся сера будет переработана в товарную серу на предприятии, которое СП намерено построить в области.