По информации КНБ, М. Койшибаев в 1999 году, будучи акимом Степногорска и используя свое служебное положение, вынес незаконное распоряжение о безвозмездной передаче своей родственнице материальных ценностей на сумму 2 млн. 424 тыс. 796 тенге. Уголовное дело в отношении М. Койшибаева было возбуждено следственным отделом ДКНБ РК по Акмолинской области в августе 2002 года.
В октябре 2002 года М. Койшибаев был избран депутатом сената парламента РК от Акмолинской области. Как пояснили в КНБ РК, гарантии, предусмотренные в таких случаях для депутатов РК, определенные Конституционным законом “О выборах в РК” и Конституцией РК, в данном случае неприменимы, поскольку, во-первых, М. Койшибаев совершил тяжкое преступление, во-вторых, уголовное дело в отношении него было возбуждено до избрания в депутаты парламента.
В связи с нарушением М. Койшибаевым подписки о невыезде, Генеральная прокуратура РК изменила меру пресечения на арест. В настоящее время сенатор помещен в ИВС.