В общей части кодекса сформулированы основные принципы перемещения товаров через таможенную границу Казахстана, отражены основные положения организации таможенного дела в республике, структура, задачи и полномочия таможенных органов.
Особенная часть освещает вопросы формирования товарной номенклатуры, определения страны происхождения товаров, принятия предварительного решения, порядка и условий осуществления таможенных операций. В специальной части кодекса регламентированы вопросы таможенного контроля, обращения товаров и транспортных средств в собственность государства, а также вопросы материального и социального обеспечения должностных лиц таможенных органов.