"Государственное обвинение в моем лице предлагает суду признать виновным Серика Баймаганбетова по статье 307 ч.2 УК РК и назначить по этой статье наказание в виде трех лет лишения свободы, по статье 311 ч.5 УК РК признать виновным и назначить наказание в виде 12 лет лишения свободы с конфискацией имущества. В соответствии со статьей 58 ч.3 УК РК путем поглощения менее строгого наказания более строгим наказанием окончательно назначить 12 лет лишения свободы с конфискацией имущества с отбыванием наказания в исправительной колоний строгого режима. В соответствии с частями 2, 3 статьи 41 УК РК в качестве дополнительного наказания назначить лишение права занимать должности на государственной службе сроком на семь лет. Согласно части 2 статьи 50 УК РК ходатайствую перед судом о внесении представления Президенту Казахстана о лишении Баймаганбетова специального звания генерал-майор внутренней службы, государственной награды ордена "Кұрмет",-сказала государственный прокурор Дарига Мусина, выступая во вторник в судебных прениях.
19 сентября 2012 года специализированный межрайонный суд Астаны приступил к рассмотрению уголовного дела в отношении бывшего главы таможенного комитета Министерства финансов Казахстана Серика Баймаганбетова, обвиняемого в получении взятки в особо крупном размере и злоупотреблении должностными полномочиями, председательствует на процессе Ерлан Космуратов.
Экс-глава таможенного комитета Баймаганбетов обвиняется в получении взятки частями в общей сумме 80 тысяч долларов за назначение на должность заместителя начальника одного из областных департаментов таможенного контроля.
Кроме того, Баймаганбетову предъявлено обвинение в злоупотреблении должностными полномочиями путем дачи незаконных указаний о принятии на работу в органы таможенного контроля лиц, которые фактически не исполняли своих функциональных обязанностей.
3 февраля 2012 года были возбуждены уголовные дела в отношении Баймаганбетова. В этот же день он был задержан и водворен в ИВС ДВД Астаны. 5 февраля с санкции Сарыаркинского районного суда Астаны он арестован.
Баймаганбетов возглавлял комитет таможенного контроля с мая 2011 года.