С обращением о неправомерности этих доначислений в Генеральную прокуратуру обратилась Национальная экономическая палата Казахстана "Союз "Атамекен", а ранее, 26 февраля т.г. данную проблему на встрече Главы государства Нурсултана Назарбаева с предпринимателями озвучил председатель правления Палаты Азат Перуашев.
Как следует из протеста Генеральной прокуратуры РК, указанные субсидии выделялись на протяжении ряда лет по решению местного маслихата на покрытие нерентабельных тарифов по перевозке пассажиров, пользующихся правом льготного проезда в городском транспорте. Таким образом, они не формируют доходной части, а лишь компенсируют убытки компаний.
Согласно пп.2 п.2 ст.90 Налогового кодекса, данные субсидии не могут рассматриваться в качестве дохода, а само начисление сумм субсидий и их оплата производилось местными государственными органами без НДС. Правомерность данного формата субсидий неоднократно подтверждалась предыдущими проверками налоговых органов, а также соответствующими заключениями министерства финансов и министерства экономики.
Однако, осенью 2008 г. налоговыми органами было принято решение о доначислении налогов по субсидиям, что привело ряд автопредприятий Карагандинской области на грань банкротства, а против их руководителей были возбуждены уголовные дела.
В январе-феврале 2009 г. ТОО "ТТС" (г.Темиртау) проиграло процессы в коллегии по гражданским делам Карагандинского областного суда и в специализированном межрайонном экономическом суде Карагандинской области.
В 2009 г. компания обратилась за помощью в Союз "Атамекен", который последовательно ставил данный вопрос перед руководством государственных органов, включая министерство экономики, совет по налоговой политике при Правительстве, Генеральную прокуратуру, Верховный суд и вышеуказанное совещание у Главы государства.
Выступая на состоявшемся 21 июля заседании Коллегии по гражданским делам Верховного суда РК по рассмотрению данного дела, первый заместитель председателя НЭП "Союз Атамекен" Екатерина Никитинская отметила важность вопроса не только для конкретных предприятий, но и для формирования бюджета в целом.
"Взимание налога с несуществующей прибыли ведет к неоправданному изъятию средств предприятия и лишению дохода сотен его сотрудников. Элементарные расчёты показывают, что в результате таких неверных действий, рост финансовой нагрузки по их социальному обеспечению на государство многократно превысит сумму взысканных налогов, что вместо пополнения даст отрицательный эффект для бюджета" - заявила она.
Согласно удовлетворенному протесту Генеральной прокуратуры РК, решением Коллегии Верховного суда РК предыдущие решения судов по данному вопросу отменены, дело будет направлено на новое рассмотрение в суд первой инстанции.