По мнению Н.Жарылгапова, “противостояние между МГД и таможней достигло своего предела и угрожает безопасности страны”. Отдельные группировки в государственных структурах РК, сказал он, намерены установить контроль над таможенным комитетом разрушив таможенную систему для чего конфликт все больше подогревается. МГД предпринимаются попытки сместить руководящий состав региональных таможенных управлений, используя незаконные методы. От должности отстранены начальники таможенных управлений Алматинской, Павлодарской и Кызылординской областей. Министерством издаются приказы, исполнение которых уже приводит к грубому нарушению таможенного законодательства и может повлечь за собой административную, уголовную или другую ответственность, предусмотренную законодательством РК. При этом в печати от имени МГД публикуются материалы, противоречащие действительности. Оказывается психологическое давление на рядовых сотрудников таможни.
Нарушение принципа единоначалия в военизированной организации привело к прецеденту проникновения на территорию РК радиационного груза из КНР через таможенный пункт “Достык”, в результате чего его начальник был вынужден подать в отставку. Ослабление контроля, за которое ратует МГД, отметил Н.Жарылгапов, в условиях напряженности в регионе, может привести к резкому росту наркотрафика через РК, увеличению потока нелегальных мигрантов в Казахстан и другим последствиям.
По мнению Н.Жарылгапова, для предотвращения обострения ситуации вокруг таможни и сохранения эффективной таможенной системы необходимо вывести таможенный комитет из состава МГД и придать ему статус самостоятельного государственного органа.