В настоящее время Военная академия действует на базе бывшего Алматинского высшего общевойскового командного училища, в котором осуществлялась подготовка офицеров для сухопутных войск. После образования Вооруженных сил РК здесь осуществляется подготовка военных специалистов по более чем 10 специальностям. Здесь же была образована Военная академия ВС РК.
Однако, по мнению специалистов, подготовка молодых офицеров и получение академического образования на базе одного училища не всегда положительно отражается на подготовке специалистов. В связи с этим министерство рассматривает возможность разделения Военной академии на военное училище и собственно Военную академию.