По сообщению департамента информации правительства КР, решение об образовании новой структуры принял премьер-министр Николай Танаев. Глава правительства считает, что в правоохранительных органах страны в настоящее время очень мало специалистов, способных классифицировать действия религиозных групп, в том числе и тех, которые занимаются пропагандой экстремистских идей среди населения. Главной задачей Экспертного совета будет выявление экстремистских структур среди религиозных общин.
По сведениям из различных источников, в настоящее время на территории Кыргызстана действует 21 религиозная миссия, в составе которых более 800 христианских миссионеров и около 200 мусульманских.