"По появившейся в распоряжении Следственного комитета оперативной информации, в роли заказчика этого убийства и ряда других особо тяжких преступлений мог выступать непосредственно руководитель ЮКОСа Михаил Ходорковский… планируется проведение следственных действий, направленных на изобличение лиц, причастных к совершению этих преступлений, в том числе и допросы свидетелей и подозреваемых, среди которых, вероятнее всего, будет и Михаил Ходорковский. Думаю, что его отсутствие на территории России не станет непреодолимым препятствием для проведения с ним всех необходимых следственных действий", — сказал Маркин.
По версии следствия, в 1998-2002 годах члены организованной группы по указанию экс-акционера ЮКОСа Леонида Невзлина совершили ряд убийств, в том числе мэра Нефтеюганска Владимира Петухова. Невзлин заочно приговорен к пожизненному заключению, сам он с 2003 года проживает в Израиле. Виновным в организации убийства мэра Нефтеюганска был признал экс-сотрудник службы безопасности Алексей Пичугин. Сейчас он отбывает наказание по приговору суда.