По данным ГНКАР, указом президента Азербайджана Гейдара Алиева утверждены устав и структура Государственной нефтяной компании Азербайджанской Республики. Согласно указу, ГНКАР поручено до 24 февраля 2003 года создать на базе ПО “Добыча нефти и газа на море” и ПО “Добыча нефти и газа на суше” - ПО “Азнефть”; на базе Управления внешнеэкономических связей и ПО “Азернефтьтаджизат” - Управление маркетинга и экономических операций; на базе ПО “Магистральные нефтепроводы” - Управление нефтепроводов; на базе ПО “Шельфпроектстрой” - Завод глубоководных оснований; на базе ПО “Азернефтьяг” - НПЗ “Азернефтьяг”; на базе ПО “Азернефтьянаджаг” - НПЗ “Азернефтьянаджаг”.
Согласно указу, сохранят свое предназначение ПО “Геофизика и инженерная геология” и Управление иностранных инвестиций ГНКАР.