Хартия определяет цели, задачи и направления деятельности ШОС, ее структуру, сферы компетенции и принципы функционирования руководящих органов, порядок ее финансирования. Согласно документу, ШОС создается “для развития многопрофильного сотрудничества между государствами для укрепления стабильности и безопасности в регионе Центральной Азии”. Высшим органом ШОС является Совет глав государств, собирающийся на заседания ежегодно. Также один раз в год проводятся заседания Совета глав правительств (премьер-министров), который принимает бюджет организации. Координация текущей деятельности ШОС возлагается на Совет национальных координаторов, назначаемых в каждом из шести государств. В качестве постоянно действующих органов предусмотрено создание Региональной антитеррористической структуры и Секретариата, который наделяется административно-техническими функциями, с расположением соответственно в Бишкеке и Пекине.