Указом Президиума Верховного Совета СССР от 30 октября 1943 года за «образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом мужество и героизм» сержант Сергей Елистратов был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» за номером 1626.
В 1945 году Елистратов окончил Ленинградское артиллерийское училище. Скоропостижно скончался 14 сентября 1947 года, похоронен в Буйнакске.
Был также награждён рядом медалей.