По данным управления, на постоянной основе планируется проводить государственный мониторинг за состоянием подземных вод Кошкар-Ата, а также определять ареал загрязнения по всему его периметру. До 2005 года запланировано добиться стабилизации уровня загрязнения на отметке 267 м.
В соответствии с разработанной министерством энергетики и минеральных ресурсов программой консервации уранодобывающих предприятий и ликвидации последствий разработки урановых месторождений на 2001-2010 годы, планируется приступить к реконструкции и консервации хвостохранилища в 2005 году. Работ будут проводиться за счет средств республиканского бюджета.
Как сообщалось ранее, в конце декабря 2003 года на территории хвостохранилища был проведен независимый мониторинг радиоактивных и токсичных отходов, объем которых составил 105 млн. тонн. Мониторинг проводили 12 специалистов алматинского Института ядерной физики. Областное управление по природопользованию на осуществление этого проекта выделило 6,5 млн. тенге. Результаты мониторинга показали, что на протяжении 4-х км существует зараженность грунтовых вод в сторону Каспийского моря и при этом озеро не имеет специальной изоляции от недр. По данным исследования, вода озера (ядовитая и радиоактивная) проникает в недра и может заражать другие пласты и есть опасность проникновения вод озера в Каспий, расположенный поблизости.
Кошкар-Ата представляет собой бессточную впадину (наиболее низкая отметка дна впадины достигает - 38,2 м), в которую было свалено и слито более 400 млн. тонн токсичных и радиоактивных отходов ураноперерабатывающих производств, в том числе порядка 105 млн. тонн отходов уранового производства.